Od 2 do 21 dni po zakażeniu pierwszymi objawami pojawienia się eboli są gorączka, intensywne osłabienie, bóle stawów i mięśni, bóle głowy i zapalenie krtani, po których następują wymioty, biegunka i ból brzucha. Od piątego do siódmego dnia może pojawić się charakterystyczna wysypka z plamkami i małymi pęcherzykami.
W miarę postępu choroby może wystąpić niewydolność wątroby lub nerek, problemy z krzepnięciem krwi i krwawienie z błon śluzowych przewodu pokarmowego i narządów płciowych. Pacjent zwykle ma od 6 do 16 dni na walkę i pokonanie wirusa, w przeciwnym razie poważne krwawienie i zapaść sercowo-naczyniowa mogą prowadzić do śmierci. Śmiertelność zmienia się w zależności od szczepu wirusa Ebola i zapewnianej opieki.