Obecnie szczepionka lub lek do profilaktyki przeciwko afrykańskiej trypanosomozie nie są dostępne. Środki zapobiegawcze mają zatem na celu zminimalizowanie kontaktu z muchami tse-tse.
Po pierwsze, należy unikać obszarów porażonych. Tsetse fly jest mniej aktywny w najgorętszych porach dnia, ale może atakować, jeśli jest zirytowany. Należy pamiętać, że owad ten jest przyciągany przez poruszające się obiekty i jasne lub ciemne kolory; może też żądlić lekkich ubrań. Dlatego zaleca się noszenie koszul i spodni, które zakrywają kończyny tak bardzo, jak to możliwe; w szczególności preferowane są ubrania z odpornego materiału i neutralne kolory, które wtapiają się w otoczenie. Przydatne może być również stosowanie repelentów na ubrania. Roje much tse-tse mogą podążać za poruszającymi się pojazdami, dlatego lepiej jest zamknąć okna samochodu, aby zapobiec inwazji na kabinę.
Walka z owadami wektorowymi może być prowadzona na poziomie środowiska poprzez niszczenie siedlisk do rozmnażania, stosowanie insektycydów i pułapek (lepiej jeśli są impregnowane permetryną) w miejscach schronienia dla much tse-tse (zarośla sawanny) i roślinność wzdłuż cieków wodnych) i leczenie zarażonych pasożytami (źródło zakażenia dla nosicieli).
