Wartość pH kału jest zwykle obojętna lub lekko zasadowa (6, 8 - 7, 5). Bardziej kwaśne stolce, fizjologiczne tylko u noworodków, mogą wskazywać na infekcje jelitowe (Escherichia coli, Rotawirus) lub zaburzenia trawienia, takie jak laktoza lub nietolerancja tłuszczu (stłuszczenie z niewydolności trzustki lub zastój żółci).
Jeśli pH kału ma tendencję do wzrostu w obecności gnilnej dysbiozy, ma tendencję do obniżania się w obecności dysbiozy fermentacyjnej, której przyczyny pochodzenia znajdują się w nadmiernym spożyciu węglowodanów lub w złej absorpcji tego samego (celiakia), Nawet w obecności obfitego spożycia lipidów, w dietach wegetariańskich i długotrwałym głodzeniu, pH odchodów staje się kwaśne.
Aby uniknąć zniekształcenia wyników badania, kał nie może być zanieczyszczony moczem i musi być szybko schłodzony, aby zapobiec tworzeniu się kałowego pH zasadowego w amoniaku i gnilnych bakteriach z moczu.