Działanie ochronne chilli i jego charakterystycznego składnika aktywnego - kapsaicyny - na zapalenie błony śluzowej żołądka i wrzód trawienny zostało wykazane w kilku badaniach, do tego stopnia, że obecnie bada się związek kapsaicyny z aspiryną i innymi NLPZ w celu zmniejszenia szkodliwego wpływu tych leków na błonę śluzową żołądka.
Niektóre badania sugerują, że kapsaicyna wykazuje również pewną aktywność przeciwbakteryjną przeciwko bakterii Helicobacter pylori, która jest główną przyczyną wrzodów trawiennych i przewlekłego zapalenia żołądka u ludzi. Aktywność tę wykazano również na szczepach Helicobacter pylori opornych na metronidazol i jest zgodna z wynikami niektórych badań epidemiologicznych; statystyki pokazują, że w niektórych populacjach, w których powszechnie używa się papryki, częstość występowania wrzodów żołądka jest mniejsza.
W oparciu o stężenia testowane w badaniach in vitro, w celu uzyskania działania antybiotykowego przeciwko Helicobacter pylori, spożycie ostrej papryki powinno być spójne (od 3 do 9 surowej papryki dziennie w zależności od zawartości kapsaicyny); należy jednak sprecyzować, że oprócz kapsaicyny inne substancje obecne w papryce chili (fitokompleks) mogą wywierać działanie synergistyczne, obniżając minimalną skuteczną dawkę. Ponadto synergia z wrodzoną obroną żołądka mogłaby dodatkowo zmniejszyć dawkę chili wystarczającą do wyeliminowania Helicobacter pylori ze środowiska żołądkowego.
Niedawny przegląd związku między spożyciem chilli a rakiem żołądka (co do których istnieją sprzeczne badania) zaleca umiarkowanie w przyjmowaniu kapsaicyny, aby w pełni cieszyć się jej potencjalnymi korzyściami bez ryzyka. Jednakże zaproszenie ważne dla tych populacji (takich jak meksykańska), w których zwykłe spożywanie papryki chili i stężenia kapsaicyny w konsumowanych odmianach, są wyraźnie wyższe niż włoskie zwyczaje.
