Japońskie zapalenie mózgu jest szeroko rozpowszechnione w niemal całej Azji iw niektórych regionach Oceanii. Ryzyko zarażenia się infekcją jest na ogół ograniczone dla większości podróżnych, jednak należy wziąć pod uwagę cel podróży, czas pobytu i czynności wykonywane podczas pobytu.
Obszary zagrożone to przede wszystkim obszary wiejskie i rolnicze, w szczególności te przeznaczone do uprawy ryżu, w których choroba jest endemiczna. Jednak przypadki w pobliżu lub w ośrodkach miejskich nie są rzadkie, jeśli istnieją warunki sprzyjające rozwojowi komarów.
W Azji Południowo-Wschodniej ryzyko zachorowania przez ukąszenie zarażonych komarów występuje przez cały rok, z akcentami odpowiadającymi deszczom monsunowym do początku pory suchej; jednak w umiarkowanych regionach Chin, Japonii i na Półwyspie Koreańskim transmisja jest większa od maja do września (okres większej aktywności przewoźników). Podczas podróży na obszary endemiczne zaleca się szczepienie.
