Pochodzenie wirusa Ebola nie jest znane, ale na podstawie dostępnych dowodów nietoperz owocowy jest uważany za naturalny rezerwuar patogenu.
Nietoperze owocowe, lepiej znane jako latające lisy, to duże nietoperze zamieszkujące lasy rzeczne . Znane są co najmniej trzy gatunki zdrowych nietoperzy przenoszących wirusy (Ebola nie powoduje żadnych objawów u tego zwierzęcia): nietoperz z głowicą młotkową (Hypsignathus monstrosus), nietoperz owocowy z epoletów Franquet (Epomops franqueti) i nietoperz owocowy z kołnierza (Myonycteris torquata).
Ale jak infekcja przeszła ze zwierząt na ludzi? Dla mieszkańców Afryki, weteranów lat wojny domowej, nietoperze są źródłem pożywienia. Nie tylko to. Zachodnie i chińskie firmy wkraczające do dżungli na wylesianie i poszukiwanie minerałów zwiększyły praktykę krzewów mięsnych, czyli handlu i konsumpcji mięsa pochodzącego od dzikich zwierząt. Dlatego mężczyźni jedzący antylopy lub szympansy zarażone nietoperzami ( żywicielami pośrednimi ) mogą skurczyć wirusa Ebola i rozprzestrzenić infekcję.
