Mojito jest typowym napojem hawańskim, choć dokładne miejsce, w którym narodził się ten napój, jest nadal przedmiotem dyskusji.
Według ustaleń wydaje się, że na Kubie, w XVI wieku, powstał napój o nazwie „El Draque” po przybyciu Francisa Drake'a. W 1586 r., Po morskim wtargnięciu osadników do Cartagena de Indias, udali się do Hawany. Niestety, różne choroby zaczęły dziesiątkować załogę (zwłaszcza szkorbut), tak że niewielka grupa żeglarzy wylądowała na Kubie, by przejąć popularne leki typowe dla tubylców. Wrócili z „aguardiente de cana” (rodzajem rumu), wapnem, miętą i sokiem z trzciny cukrowej. Samo wapno byłoby wystarczające do wyleczenia szkorbutu, ale nikt nie mógł sobie wyobrazić, że to składniki (jak w przypadku mięty i soku z trzciny cukrowej) mają na celu skorygowanie nieprzyjemnego smaku „cudownego napoju alkoholowego „: El Draque
Rzeczywisty Mojito został ochrzczony (prawdopodobnie) przez ludność kubańską (kilka dziesięcioleci później), w oparciu o rzeczownik „Mojo”, typową przyprawę na bazie wapna. Inna teoria mówi, że pochodzi od „mojadito”, co oznacza „trochę mokro” lub po prostu „mojado” lub „mokro”.
