Prawdopodobieństwo przeniesienia toksoplazmozy na płód zmienia się w zależności od okresu ciążowego, w którym matka zachorowała na infekcję: ryzyko jest niskie na początku ciąży i wzrasta wraz z postępem czasu. Wręcz przeciwnie, nasilenie szkód zgłoszonych przez dziecko jest większe, gdy tylko nastąpi przeniesienie płodu z matki. W przypadku zakażenia zakontraktowanego w szóstym miesiącu ciąży, spontaniczne poronienie, przedwczesne porody lub płód porodowy mogą spowodować zapalenie naczyniówki, wodogłowie (lub mikrocefalię) i zwapnienia wewnątrzczaszkowe. Te objawy neurologiczne mogą być związane z wykwitami skórnymi, zanikiem nerwu wzrokowego, oczopląsem, żółtaczką, zapaleniem mięśnia sercowego i zapaleniem płuc.
W przypadku prawdopodobnej i stwierdzonej toksoplazmozy matki z testu Toxo, aby wiedzieć, czy Toxoplasma gondii rzeczywiście przekroczył barierę łożyskową i zaraził dziecko, wskazana jest amniopunkcja (nie przed 15. tygodniem ciąży). Próbka płynu owodniowego pobrana podczas badania i poddana PCR (reakcja łańcuchowa polimerazy) pozwala potwierdzić ewentualną obecność DNA pasożyta, diagnozując w ten sposób zakażenie płodu. Z drugiej strony monitorowanie echograficzne może wykazywać wyraźne oznaki uszkodzenia płodu (zwapnienia wewnątrzczaszkowe, wodogłowie, hepatomegalię, opóźnienie wzrostu wewnątrzmacicznego). Po urodzeniu podejrzenie wrodzonej toksoplazmozy jest potwierdzone głównie przez badania serologiczne i obecność objawów choroby, które mogą pojawić się nawet lata później, zwłaszcza przy braku terapii.
