Rozpoznanie zatrucia jadem kiełbasianym opiera się na identyfikacji toksyny Clostridium botulinum w laboratorium i na obserwacji objawów klinicznych, nawet jeśli czasami są one niespecyficzne. Chorobę można w rzeczywistości pomylić z zespołem Guillain-Barré, poliomyelitis, udarem, miastenią i paraliżem kleszczy.
W zatruciu jadem kiełbasianym ważne są wskazówki dotyczące zaburzeń nerwowo-mięśniowych i spożycia potencjalnie skażonej żywności. Jednoczesna manifestacja u co najmniej 2 pacjentów, którzy jedli ten sam pokarm, upraszcza diagnozę. Potwierdzenie uzyskuje się przez izolację mikroorganizmu za pomocą testu hodowli podejrzanych próbek żywności lub odchodów pacjenta oraz identyfikację toksyny botulinowej w żywności lub materiałach biologicznych (takich jak krew, sok żołądkowy i wymioty).
Z drugiej strony, w zatruciu jadem kiełbasianym, diagnoza toksyny surowicy lub izolacja Clostridium botulinum z próbki zmiany skórnej to potwierdzają.
