Antygen jest cząsteczką rozpoznawaną jako obca lub potencjalnie niebezpieczna przez układ odpornościowy organizmu, który zwalcza ją poprzez wytwarzanie przeciwciał. Większość antygenów jest w stanie wytworzyć swoistą odpowiedź immunologiczną, ukierunkowaną na ich usunięcie i koordynację przez limfocyty T i B (te same komórki odpowiedzialne za ich rozpoznanie).
Antygenowość to zdolność antygenu do specyficznego łączenia się z przeciwciałami i receptorami specyficznymi dla niego (receptory antygenu obecnego w komórkach T i B); immunogenność lub „immunogenna” moc odzwierciedla natomiast zdolność antygenu do indukowania odpowiedzi immunologicznej (w której pośredniczą limfocyty T i B). Dlatego każda cząsteczka immunogenna jest również antygenowa, ale nie wszystkie antygeny są immunogenne.
Antygeny można klasyfikować jako endogenne lub egzogenne, w zależności od tego, czy mają one rdzenne pochodzenie, czy są obce dla organizmu. Te ostatnie penetrują organizm w postaci bakterii, wirusów, chemikaliów, pyłków itp. i są fagocytowane (zjadane i trawione) przez odpowiednie komórki (makrofagi, monocyty i granulocyty neutrofilowe). Niektóre pozostałości procesu trawienia są prezentowane na błonie komórkowej fagocytu (klasa II MHC) i rozpoznawane przez limfocyty pomocnicze T, które wydzielają cytokiny przez stymulację proliferacji aktywowanych limfocytów B, makrofagów i innych cząstek. Endogenne antygeny, zamknięte w komórkach, są również przetwarzane i eksponowane na powierzchni komórki (klasa I MHC); tutaj są rozpoznawane przez cytotoksyczne limfocyty T, które uwalniają substancje zdolne do zabicia zakażonej komórki przez lizę lub apoptozę (samobójstwo).
Zwykle układ odpornościowy nie pozwala na syntezę przeciwciał przeciwko własnym cząsteczkom (self); ta kontrola nie jest bardzo skuteczna w chorobach autoimmunologicznych, w których bezpośrednie reakcje immunologiczne są ustalane przeciwko komórkom organizmu, rozpoznawane i identyfikowane tak, jakby były niebezpiecznymi czynnikami zewnętrznymi.
Zazwyczaj antygeny są białkowe lub polisacharydowe, ale nawet prostsze elementy (metale, fragmenty DNA itp.) Mogą stać się antygenowe i immunogenne przez połączenie z białkami własnego organizmu i ich modyfikację.
