Afrykańska trypanosomoza występuje głównie w wyniku ukąszenia zarażonej muchy tsetse . Możliwa jest jednak pionowa transmisja z matki na dziecko w czasie ciąży. Trypanosom może bowiem przeniknąć przez łożysko i zainfekować płód. Przekazywanie przez inne krwiopijne owady nie jest wykluczone, nawet jeśli mechanizm ten wymaga wyjaśnienia.
Przypadkowe infekcje wystąpiły między pracownikami służby zdrowia i laboratoriami w laboratoriach analitycznych po nakłuciach zanieczyszczonymi igłami .
