Oprócz indywidualnych środków ochrony i kontroli środowiska przewoźnika, japońskie zapalenie mózgu można zapobiec poprzez szczepienie.
Szczepionka Ixiaro, już zatwierdzona przez FDA (Food and Drug Administration) w USA i zatwierdzona przez EMEA (Europejska Agencja Leków), jest podawana domięśniowo w okolicę mięśnia naramiennego (ramię), w 2 dawkach, druga z który jest zaszczepiony 4 tygodnie po pierwszym. W celu zapewnienia dobrej aktywnej immunizacji kurs szczepienia musi zostać ukończony co najmniej na tydzień przed możliwym kontaktem z wirusem japońskiego zapalenia mózgu.
Szczepionka przeciwko japońskiemu zapaleniu mózgu jest zalecana dla podróżnych, którzy pozostają na zewnątrz przez długi czas na obszarach endemicznych, w sezonie, w którym przenoszenie zakażenia jest najbardziej prawdopodobne; jednak nie jest wskazany dla osób poniżej 18 roku życia, w czasie ciąży i podczas karmienia piersią.
