U zwierząt symptomatologia ptasiej grypy różni się zarówno w odniesieniu do szczepu wirusowego zaangażowanego w zakażenie, jak i do dotkniętych nim gatunków. W szczególności u ptaków zakażenie ma łagodny przebieg, jeśli jest wywołane przez wirusy o niskiej zjadliwości należące do wszystkich podtypów H ( LPAI - Low Pathogenic Avian Influence ). Choroba wywołana przez wirusa LPAI jest zlokalizowana i charakteryzuje się objawami oddechowymi i jelitowymi, często związanymi z ogólnym złym samopoczuciem, zaburzeniami łzawienia i rozmnażania u zwierząt hodowlanych (np. Zmiany w jajach i zmniejszone składanie jaj).
Natomiast niektóre szczepy wirusa należące do podtypów H5 i H7 mogą powodować wysoką chorobotwórczą grypę ptaków ( HPAI - High Patogenic Avian Influence ), zawsze systemiczną i poważną chorobę, związaną z wysoką śmiertelnością między niektórymi gatunkami ptaków dzikich i domowych. Najbardziej oczywiste objawy występują w układzie nerwowym, z obniżeniem czucia, obrotem głowy do tyłu i paraliżem skrzydeł.
